Народився у м. Комсомольськ (наразі – Горішні Плавні) Полтавської області. Працював у м. Дніпро на заводі важкого машинобудування, а також був приватним підприємцем у галузі харчової промисловості.

Потім переїхав до м.Дніпро, де і мешкав постійно. Батько двох дітей.

Від початку повномасштабного вторгнення Володимир вступив до лав ЗСУ добровольцем.

Служив у територіальній обороні м. Дніпро, стояв на захисті населених пунктів на Запорізькому напрямку.

Під час бойових дій поблизу с. Кам’янське Василівського району Запорізької області отримав мінно-вибухову травму.

Після лікування одразу повернувся на бойові позиції – на той час підрозділ перебував уже на Донецькому напрямку.Служив солдатом, кулеметником снайперів зенітного ракетно-артилерійського взводу роти вогневої підтримки.

05.02.2023 Володимир Гапонюк виконував бойове завдання поблизу с. Времівка Волноваського району Донецької області. У той день ворог атакував позицію українських захисників важкою зброєю, а потім розпочався ближній бій.

Противник чисельно переважав захисників Батьківщини. Під час бою окупанти підірвали позицію українських військових, що спровокувало детонацію бойових комплектів.

Солдат Гапонюк загинув під час виконання бойового завдання із захисту рідної землі внаслідок близького розриву вибухового пристрою.

Попрощатися з військовослужбовцем родина змогла лише за рік і два місяці.

Гапонюка Володимира Миколайовича нагороджено медаллю «Захисник Вітчизни» (посмертно).